中国科学院数学与系统科学研究院是一个综合性的国立学术研究机构，覆盖了数学与系统科学的主要研究方向。

研究院成立于1998年12月，是由中国科学院数学研究所（建于1952年）、应用数学研究所（建于1979年）、系统科学研究所（建于1979年）及计算数学与科学工程计算研究所（建于1995年）等四个研究所整合而成。

据2020年6月研究院官网显示，研究院下设4个研究所，10个国家重点实验室、中国科学院重点实验室、研究中心，13个交叉研究中心；拥有职工307人。